在幻影忍者們齊心協(xié)力擊退飛天海盜之后，忍者世界恢復(fù)到往日的和平。忍者們認(rèn)真地進(jìn)行日常訓(xùn)練，但大地忍者 - 寇，似乎有什么心事困擾著他。寇在過(guò)去的戰(zhàn)役當(dāng)中，被邪惡的楊大師變成了幽靈，原本他還以為自己已漸漸習(xí)慣幽靈形態(tài)，但他卻驚覺自己有可能隨時(shí)會(huì)消失不見，仿佛不曾存在過(guò)一樣。就在這個(gè)時(shí)候，他又聽到了楊大師的呼喚，發(fā)現(xiàn)楊大師正在進(jìn)行一個(gè)陰謀，企圖將過(guò)去曾被忍者們打倒的強(qiáng)大魔頭們?nèi)颊賳净厝陶呤澜?！面?duì)多個(gè)過(guò)去的死敵同時(shí)襲來(lái)，幻影忍者們能招架得住嗎？而寇，是否能夠渡過(guò)這次的難關(guān)，繼續(xù)存在于這個(gè)世上呢？