漁業(yè)飛行員月岡和小林在無(wú)人島上的石洞目擊哥斯拉和一隻背面長(zhǎng)出長(zhǎng)刺的怪獸正在打鬥。返回大阪後，二人立刻報(bào)告, 對(duì)策本部立即被成立，並查那一隻長(zhǎng)刺的怪獸叫「安基拉斯」，又是和哥斯拉一樣受氫彈試驗(yàn)而蘇醒， 山根博士在沒(méi)有兵器對(duì)抗哥斯拉的情況下， 建議用燈光誘導(dǎo)怪獸回海的方法。
　　在燈火管制下，大阪灣出現(xiàn)哥斯拉，防衛(wèi)隊(duì)在灣外發(fā)射照明彈作誘導(dǎo)。可是，有幾位囚犯趁疏散時(shí)逃獄，他們搶了運(yùn)油車。為逃避警方追捕，他們?cè)诖筅媸兄酗w車，由於車速過(guò)快，運(yùn)油車失控撞進(jìn)工廠，引發(fā)大爆炸，壤成火災(zāi)，以致哥斯拉向著大阪上陸。破壞大阪上的建築物，後來(lái)更在大阪城跟安基拉斯死斗，哥斯拉最後咬死暴龍安基拉斯，再以放射火焰把安基拉斯火化，哥斯拉回到海中消失身影。
　　轉(zhuǎn)了公司一起到北海道的月岡，在那裡與從前的戰(zhàn)友再次相見。在大阪消失身影的哥斯拉突然在北海道海上被發(fā)現(xiàn)。哥斯拉更在神子島上陸了，轟炸機(jī)趕至並發(fā)動(dòng)全面轟炸，但對(duì)哥斯拉完全沒(méi)有效。小林的飛機(jī)被放射熱線打中，接著墮機(jī)犧牲。在那個(gè)事故後引起雪崩的先兆，於是他們就對(duì)哥斯拉展開「雪崩埋沒(méi)大作戰(zhàn)」。月岡放出飛彈令雪崩發(fā)生，最後哥斯拉終於被雪和冰淹沒(méi)了。
　　由於沒(méi)有比核彈更利害的氧破壞劑，令山根博士對(duì)打敗怪獸感到悲傷，再次看出在他眼中只有核彈或氧破壞劑的思想，而忽略借用大自然的力量去對(duì)抗，「雪崩埋沒(méi)大作戰(zhàn)」便證明自然力量大於一切，即使一隻無(wú)敵怪獸王也輕意被推倒。