第三集完全是官方同人，二戰(zhàn)AU，用百慕大做引子，玩諜戰(zhàn)故事就毫無(wú)邏輯漏洞，Mulder穿越之后所有他認(rèn)識(shí)的人都維持了他熟知的人設(shè)，Scully的冷艷正義，Skinner的暗中相助，反派老頭子的殘忍無(wú)情，都跟21世紀(jì)的現(xiàn)實(shí)一毛一樣。

六、七兩季片方就玩了無(wú)數(shù)的梗，比如吸血鬼向的奇幻AU，時(shí)間loop的科幻AU，穿越梗的二戰(zhàn)AU，等等，再留下一些集數(shù)做主線的推進(jìn)，亦莊亦諧讓觀眾看得非常舒服。

如果說(shuō)第五季是劇情設(shè)置和線索推進(jìn)的高峰，那么六七兩季則是團(tuán)隊(duì)制作水平已經(jīng)完全游刃有余的表現(xiàn)。非常喜歡。

非洲象牙海岸發(fā)掘出了寫(xiě)有符號(hào)的飛船碎片，發(fā)現(xiàn)碎片的相關(guān)科學(xué)家紛紛被謀殺。這些碎片讓Mulder腦海中聽(tīng)到無(wú)數(shù)聲音并同痛不欲生。Scully發(fā)現(xiàn)碎片上的符號(hào)可能是人類的基因藍(lán)圖。Mulder被關(guān)進(jìn)了精神病院。Scully來(lái)到象牙海岸，看到半埋在沙灘中的飛船。

第1集 開(kāi)端 The Beginning

在電影FTF里出現(xiàn)的變種alien從一個(gè)基因技術(shù)研究公司的員工肚子里鉆出來(lái)逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他帶Mulder 去找那個(gè)alien。Scully證明出Gibson可能是外星人（所有人類都可能是）。X檔案現(xiàn)在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不見(jiàn)了。

第2集 向前沖 Drive

一個(gè)人駕車在公路上亡命奔馳，他必須不停地高速移動(dòng)來(lái)防止自己的腦子炸開(kāi)。Mulder上了他的車子。

第3集 百慕達(dá)驚夢(mèng)/Triangle

Mulder 在海上找到了二戰(zhàn)時(shí)期神秘失蹤的Queen Anne號(hào)郵輪，船上的時(shí)間還是1939年。Scully和孤槍俠為找Mulder也登上了Queen Anne號(hào)，但船上的時(shí)間是當(dāng)前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder對(duì) Scully說(shuō)I love you。

第4集 夢(mèng)境(上） Dreamland

Mulder和一個(gè)五十一區(qū)的黑衣人互換了身體，進(jìn)入到對(duì)方的生活中。別人都不知道。

第5集 夢(mèng)境(下) Dreamland II

他們想辦法把身體又換了回來(lái)，誰(shuí)也不記得發(fā)生了什么。

第6集 親密關(guān)系 Terms Of Endearment

一個(gè)惡魔變成普通人模樣到處結(jié)婚試圖有一個(gè)正常的后代，他的現(xiàn)任妻子是個(gè)女惡魔，她一心想要有一個(gè)惡魔的后代。

第7集 雨王 The Rain King

小鎮(zhèn)上的天氣預(yù)報(bào)員一直深愛(ài)著一名女子，她的情感經(jīng)歷波折豐富。只是他們還不知道，他的情緒會(huì)影響當(dāng)?shù)氐奶鞖狻?/p>

第8集 圣誕幽魂 How The Ghosts Stole Christmas

圣誕夜，Mulder拉著Scully來(lái)拜訪一棟鬧鬼的大房子。在房子里，一對(duì)幾百年前在此徇情的情侶讓他們經(jīng)歷了一次對(duì)彼此信任的考驗(yàn)。

第9集 心靈殺手 Tithonus

一個(gè)從死神的名冊(cè)中被除去名字的攝影師，靠捕捉他人的死亡瞬間來(lái)尋求死神的重新眷顧。最終他如愿以償，死神卻對(duì)Scully背過(guò)了身體。

第10集 S.R.819

Skinner的身體被注入了納米機(jī)器人，他的生死全由Krycek一手掌握。

第11集 父與子(上) Two Fathers

Spender 的母親沒(méi)有死。她意外成了第一例成功的人類/alien混種，也就是辛迪加與殖民alien協(xié)議研究的在殖民后為其充當(dāng)奴隸的人種。同時(shí)，叛軍外星人的力量暫時(shí)占了上風(fēng)，他們滲入了辛迪加組織，意圖奪走spender的母親。CSM要繼續(xù)保護(hù)和殖民方合作同時(shí)暗地研制疫苗的計(jì)劃，在對(duì)自己親手扶植的兒子 Spender失望之余，他找來(lái)Fowley幫忙。

第12集 父與子(下) One Son

辛迪加抓到了 Spender的母親和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混種研究已經(jīng)成功，殖民就會(huì)開(kāi)始，而辛迪加故意拖延研究混種并一直隱瞞真相是為了贏得研制疫苗的時(shí)間。意識(shí)到叛軍的力量已是無(wú)法阻止的，CSM等辛迪加決定把Spender的母親交給殖民方，讓殖民開(kāi)始，以保存自己。但叛軍先行一步，最終奪走的Spender的母親，燒死了除CSM外的所有辛迪加成員。CSM殺死了自己的兒子Spender。

第13集 美麗新社區(qū) Arcadia

Mulder和Scully偽裝成一對(duì)夫婦來(lái)到一個(gè)秩序井然的美麗社區(qū)調(diào)查居民失蹤案，發(fā)現(xiàn)一切是由懂遠(yuǎn)東意念術(shù)的人用泥土創(chuàng)造的幻人所為。

第14集 水怪 Agua Mala

佛羅里達(dá)的暴風(fēng)雨把深海的一種生物帶到了小城的排水系統(tǒng)中。這種只能在咸水中生存的生物能把人融解為水。5X15中的前X檔案探員請(qǐng)MS來(lái)幫助解決這個(gè)問(wèn)題。

第15集 星期一 Monday

Mulder每天醒來(lái)都回到同一個(gè)星期一，經(jīng)歷同樣的事情卻毫不知情。只有一個(gè)女子知道要逃離這無(wú)間地獄，必須改正一件錯(cuò)誤的事情。

第16集 變形犬 Alpha

一名到中國(guó)尋找失落的王山犬的教授獲得了變身成動(dòng)物的能力，開(kāi)始無(wú)法控制殺人的欲望。

第17集 穿墻人 Trevor

一名囚犯在一場(chǎng)風(fēng)暴中意外獲得了身體穿越固體的能力。他逃出了監(jiān)獄，想要找回自己的兒子。

第18集 愛(ài)情小說(shuō) Milagro

暗戀Scully的小說(shuō)家為了接近Scully，在小說(shuō)中創(chuàng)作了完美的犯罪，小說(shuō)中的殺手來(lái)到現(xiàn)實(shí)中執(zhí)行了這些罪行。在了解到Scully心有所屬后，小說(shuō)家不知如何結(jié)尾了，而小說(shuō)中的殺手告訴他應(yīng)該殺死Scully。

第19集 難兄難弟 Three of A Kind

孤槍俠Byers自從1990年后就一直在尋找的那名女子現(xiàn)身拉斯維加斯。他們?yōu)樗軘[脫陰謀和追殺，請(qǐng)來(lái)了Scully幫忙。

第20集 快樂(lè)人生 The Unnatural

5X15中的前X檔案探員有個(gè)雙胞胎兄弟，給Mulder講了一個(gè)發(fā)生在1947年的故事，有關(guān)alien、賞金殺手、棒球，還有單純的快樂(lè)。

第21集 田野之旅 Field Trip

北卡羅來(lái)納州的布朗山附近長(zhǎng)了一種蘑菇，通過(guò)釋放出的孢子讓人產(chǎn)生非常真實(shí)的幻覺(jué)，睡夢(mèng)中的人卻作為這些蘑菇的營(yíng)養(yǎng)慢慢被消化了。

第22集 創(chuàng)世紀(jì) Biogenesis