幽靈竊取技術(shù)改進(jìn)了超光速引擎。人類(lèi)在邁克爾的幫助下俘虜了一大批幽靈還搶了一艘蜂巢級(jí)戰(zhàn)艦，可惜幽靈戰(zhàn)俘們逃跑招來(lái)另外幾個(gè)蜂巢級(jí)戰(zhàn)艦，接著該戰(zhàn)艦就在戰(zhàn)斗中炸掉了。接著碰到了遠(yuǎn)古人創(chuàng)造的復(fù)制人，吉乃人科爾亞俘虜?shù)挠撵`和謝帕德逃出生天，幽靈把生命反輸給了謝帕德，科爾亞也在隨后一個(gè)騙子醬油集里被殺。
    麥凱恩跟他同樣天才的妹妹打了一集醬油，順帶用完了一個(gè)ZPM，一艘古人飛船以0.9999光速飛行的時(shí)候被代達(dá)羅斯號(hào)發(fā)現(xiàn)，里面100來(lái)個(gè)古人要回了亞特蘭蒂斯，并且驅(qū)逐了SGU，不過(guò)復(fù)制人來(lái)襲，占領(lǐng)了亞特蘭蒂斯，全殲了古人，6人小隊(duì)趕回去滅了復(fù)制人，并取得了古人飛船帶來(lái)的3個(gè)ZPM，可惜，星門(mén)中心還是只給了亞特蘭蒂斯1個(gè)，拿走了另兩個(gè)。麥凱恩在亞特蘭蒂斯尋寶的時(shí)候被古人升天實(shí)驗(yàn)室改造成升天模式，但老麥精神升不了，只能等死，順便在升天模式bug全開(kāi)下改進(jìn)了代達(dá)羅斯的超光速引擎把亞特蘭蒂斯節(jié)了一下能創(chuàng)造一個(gè)數(shù)學(xué)分支寫(xiě)了500頁(yè)的doctor韋爾傳徒手醫(yī)治了被電流擊穿心臟的卡蘭聽(tīng)見(jiàn)別人想什么用意念移動(dòng)物體等等，可惜麥凱取消掉升天模式后就看不懂他自己寫(xiě)的方程了。
    韋爾度假，泰勒懷孕，卡特接班麥凱樂(lè)壞了，泰勒懷孕，星門(mén)鏈計(jì)劃被幽靈發(fā)現(xiàn)，幽靈攻進(jìn)了地球上星門(mén)指揮中心，還好被兩大猛男提爾克和羅南分分鐘搞定。邁克爾把哈芬人發(fā)明的病毒升級(jí)后隨機(jī)的傳播給了某些星球，該病毒能殺死30%的人類(lèi)，幸存下來(lái)的無(wú)法被幽靈吸食，并且吸食幽靈會(huì)感染病毒死亡，tod跟亞特蘭蒂斯達(dá)成協(xié)議一起解決。。。走投無(wú)路的邁克爾利用大甲蟲(chóng)和人類(lèi)DNA創(chuàng)造了一種超級(jí)戰(zhàn)士，復(fù)制人遠(yuǎn)征地球的艦隊(duì)被地球新旗艦阿波羅號(hào)奇襲摧毀，復(fù)制人為報(bào)復(fù)攻擊亞特蘭蒂斯，無(wú)奈中亞特蘭蒂斯飛離星球卻幾乎耗盡了zpm的能量在星際荒野中拋錨。。。
    沒(méi)看到卡森出事，很奇怪，難道被剪掉了？本季主線集相對(duì)比較多，有些事莫名其妙，比如卡特代替韋爾，泰勒生孩子都沒(méi)有說(shuō)明，泰勒如何被救回也沒(méi)有，難道少了一集？