幽靈竊取技術改進了超光速引擎。人類在邁克爾的幫助下俘虜了一大批幽靈還搶了一艘蜂巢級戰(zhàn)艦，可惜幽靈戰(zhàn)俘們逃跑招來另外幾個蜂巢級戰(zhàn)艦，接著該戰(zhàn)艦就在戰(zhàn)斗中炸掉了。接著碰到了遠古人創(chuàng)造的復制人，吉乃人科爾亞俘虜?shù)挠撵`和謝帕德逃出生天，幽靈把生命反輸給了謝帕德，科爾亞也在隨后一個騙子醬油集里被殺。
    麥凱恩跟他同樣天才的妹妹打了一集醬油，順帶用完了一個ZPM，一艘古人飛船以0.9999光速飛行的時候被代達羅斯號發(fā)現(xiàn)，里面100來個古人要回了亞特蘭蒂斯，并且驅逐了SGU，不過復制人來襲，占領了亞特蘭蒂斯，全殲了古人，6人小隊趕回去滅了復制人，并取得了古人飛船帶來的3個ZPM，可惜，星門中心還是只給了亞特蘭蒂斯1個，拿走了另兩個。麥凱恩在亞特蘭蒂斯尋寶的時候被古人升天實驗室改造成升天模式，但老麥精神升不了，只能等死，順便在升天模式bug全開下改進了代達羅斯的超光速引擎把亞特蘭蒂斯節(jié)了一下能創(chuàng)造一個數(shù)學分支寫了500頁的doctor韋爾傳徒手醫(yī)治了被電流擊穿心臟的卡蘭聽見別人想什么用意念移動物體等等，可惜麥凱取消掉升天模式后就看不懂他自己寫的方程了。
    韋爾度假，泰勒懷孕，卡特接班麥凱樂壞了，泰勒懷孕，星門鏈計劃被幽靈發(fā)現(xiàn)，幽靈攻進了地球上星門指揮中心，還好被兩大猛男提爾克和羅南分分鐘搞定。邁克爾把哈芬人發(fā)明的病毒升級后隨機的傳播給了某些星球，該病毒能殺死30%的人類，幸存下來的無法被幽靈吸食，并且吸食幽靈會感染病毒死亡，tod跟亞特蘭蒂斯達成協(xié)議一起解決。。。走投無路的邁克爾利用大甲蟲和人類DNA創(chuàng)造了一種超級戰(zhàn)士，復制人遠征地球的艦隊被地球新旗艦阿波羅號奇襲摧毀，復制人為報復攻擊亞特蘭蒂斯，無奈中亞特蘭蒂斯飛離星球卻幾乎耗盡了zpm的能量在星際荒野中拋錨。。。
    沒看到卡森出事，很奇怪，難道被剪掉了？本季主線集相對比較多，有些事莫名其妙，比如卡特代替韋爾，泰勒生孩子都沒有說明，泰勒如何被救回也沒有，難道少了一集？